당초 「가맹사업법」에 의거 공정거래위원회 또는 분쟁당사자가 요청하는 가맹사업거래의 분쟁에 관한 사항을 자율적으로 조정(調停)하기 위하여 한국프랜차이즈협회에 설치되어 있었으나, 2007년8월3일 동 법개정에 따라 이를 대신하여 공정거래조정원에 설치된 분쟁조정협의회(시행일: 2008.2.4)를 말함.

동 협의회는 위원장 1인을 포함한 9인의 위원으로 구성됨. 위원은 공익을 대표하는 위원, 가맹본부의 이익을 대표하는 위원, 가맹점사업자의 이익을 대표하는 위원으로 구분하되 각각 동수로 하며, 위원장은 공익대표 위원 중에서 공정거래위원회 위원장이 위촉함. 협의회 위원의 임기는 3년으로 하되, 연임할 수 있음. 분쟁당사자 또는 공정거래위원회는 협의회에 그 조정을 신청할 수 있으며, 협의회가 그 조정의 신청을 받은 때에는 즉시 그 조정사항을 분쟁 당사자에게 통지하여야 함.

동 협의회는 분쟁당사자에게 조정사항에 대하여 스스로 조정하도록 권고하거나 조정안을 작성하여 이를 제시할 수 있으며, 분쟁 당사자가 협의회의 권고 또는 조정안을 수락하거나 스스로 조정하는 등 조정이 성립된 경우, 조정의 신청 또는 의뢰 받은 날부터 60일이 경과하여도 조정이 성립하지 아니한 경우 또는 분쟁당사자의 일방이 조정을 거부하거나 해당 분쟁 조정사항에 대하여 법원에 소를 제기하는 등 조정절차를 진행할 실익이 없는 경우에는 그 조정절차를 종료하여야 함.